В первых веках н. э. территория нынешней Джибути заселялась кочевыми племенами, говорившими на кушитских языках — афар и исса. В V—VI веках входила в состав государства Аксум. В VII веке оказалась под властью арабских султанов. Среди местного населения распространился ислам и арабский язык.

В XVI веке, когда на полуострове Сомали шли войны между португальцами и эфиопами с одной стороны и турками и сомалийцами — с другой, территория нынешней Джибути была завоёвана португальцами. В XVII веке вновь установилось господство арабов. Коренное население сохраняло кочевой образ жизни, арабы составляли управляющую и торговую прослойки населения.

В 1862 году французы оформили своё владение нынешней Джибути договором с султаном Адаль, по которому Франция получила территорию, населённую афарами, и якорную стоянку в Обоке. В 1881 году были учреждены французские акционерные компании по развитию территории в районе Обока. Было начато строительство современного города Джибути. Территория, именовавшаяся как Обок, в 1896 году получила официальное название Французский Берег Сомали (с 1967 года — Французская территория афаров и исса). В 1889 году русскими подданными-поселенцами была предпринята попытка колонизации части территории Французского Берега Сомали (Сагалло). После того, как полномочия основателя колонии и планы России не подтвердились, французский флот изгнал колонистов.

В 1946 году колония Французское Сомали получила статус «заморской территории» Франции.

В 1977 году после референдума предоставлена независимость, страна стала называться республика Джибути. В 1981 введена однопартийная система (Народное объединение за прогресс).

Политическая жизнь в Джибути как во времена пребывания под колониальным протекторатом, так и после обретения независимости в 1977 году, определялась в значительной степени борьбой между крупнейшими населяющими страну этносами — афар и исса. В период действия колониального мандата в администрации господствовали афар, а после обретения страной независимости — исса. В 1979 всплеск недовольства среди афаров, начало партизанской войны. В 1992—2000 году в Джибути шла гражданская война, закончившаяся соглашением о разделе полномочий.

В 2008 году между Джибути и Эритреей была краткосрочная война.